De Nederlandse Zeestrijdkrachten in Nederlands-Indië vormden een belangrijk onderdeel van de Nederlandse militaire aanwezigheid in de Indische archipel. Waar aanvankelijk de schepen van de Verenigde Oost-Indische Compagnie (VOC) en later ondersteund door de Staatse Vloot de dienst op het water in de archipel uitmaakten, werd dit later een samenraapsel van de Koninklijke Marine, Koloniale Marine, Indische Militaire Marine en Gouvernementsmarine. In diverse perioden bestonden verschillende van deze marines naast elkaar, wat samenwerking en coördinatie vaak niet ten goede kwam. Uiteindelijk werden aan de vooravond van de Tweede Wereldoorlog alle onderdelen gemilitariseerd en operationeel ondergebracht bij de Koninklijke Marine.

In de tijd van de Verenigde Oost-Indische Compagnie (VOC) werd de militaire aanwezigheid in de Indische archipel geheel overgelaten aan de VOC. Nagenoeg alle schepen van de VOC waren in die tijd bewapend en konden zich met menig oorlogsschip meten. Dit was nodig omdat de Republiek der Zeven Verenigde Nederlanden maar een relatief kleine oorlogsvloot had, de zogenaamde Staatse Vloot, en de Indische archipel geheel aan de verantwoordelijkheid van de VOC overliet. Als de VOC behoefte had aan oorlogsschepen dan werden deze vaak uitgeleend aan de VOC door de Staatse Marine. De VOC beschikte hierdoor over een dusdanig grote bewapende vloot dat in oorlogstijd zelfs schepen werden uitgeleend aan de Admiraliteiten voor de Staatse Vloot.^[1]

Toen in de 18e eeuw de macht en kracht van de VOC afnam, werd de steun van de Nederlandse staat steeds groter en ook de Staatse Vloot ging zich steeds actiever met de archipel bemoeien. Tijdens de Franse tijd nam de macht van Nederland in de archipel af en namen Frankrijk en Engeland dit over. Speciaal voor Nederlands-Indië werd bij de stichting van het Koninkrijk der Nederlanden in 1813 het zogenaamde Auxiliair Eskader ingesteld als onderdeel van de Koninklijke Nederlandsche Zeemagt. De bevelhebber van dit eskader was de Commandant der Zeemacht bij Nederland-Indië. Rond 1867 was dit eskader opgebouwd rond zeven schroefstomers uit verschillende klassen. Dit werd de decennia daarna steeds verder uitgebouwd. Gemiddeld verbleef de helft van de Koninklijke Nederlandsche Zeemagt in Nederlands-Indië. Pas vanaf 1904 spreken we van Koninklijke Marine.

Het Auxiliair Eskader opereerde veelal naast en soms samen met de Koloniale Marine. Dit was een maritieme, bewapende vloot die onder de verantwoordelijkheid viel van de Gouverneur-generaal van Nederlands-Indië. Rond 1840 werd deze eenheid weer opgeheven, maar werd in 1866 als Indische Militaire Marine weer nieuw leven in geblazen. Rond 1867 bad deze marine de beschikking over 23 schepen van verschillend formaat en type. De schepen werden bekostigt door het Ministerie van Koloniën, maar het personeel was in dienst van de Koninklijke Marine. De belangrijkste taken van deze dienst was het vestigen, handhaven en vertegenwoordigen van het koloniale gezag in de Indische archipel.

Naast deze twee zuiver militaire zeemachten, werd in 1821 door het Gouvernement van Nederlands-Indië een civiele marine opgericht, uitgerust met bewapende, zogenaamde 'kruisboten'. Deze werden gebruikt voor transporten uit naam van het gouvernement en waren voornamelijk bedoeld als tegenmaatregel tegen zeeroverij. De scheepjes konden zowel met zeil als roeiend worden voortgedreven. Deze schepen werden aangevuld met bewapende schoeners voor met name waarde transporten over langere afstanden. In 1861 werden al deze schepen ondergebracht bij een nieuwe organisatie, de Gouvernementsmarine. Naast de eerdere taken ging deze marine zich ook bezig houden met politionele taken en lichte semimilitaire taken. Vanaf 1905 werd de Gouvernementsmarine onderdeel van de Dienst van de Scheepvaart maar bleef onafhankelijk opereren van de Koninklijke Marine en de Indische Marine. In de jaren 1930 werden de Koninklijke Marine en de Indische Marine organisatorische en operationeel samengevoegd waarna over één Koninklijke Marine in Nederlands-Indië gesproken kan worden. Kort voor de Tweede Wereldoorlog werd, vanwege de dreiging in het Verre Oosten, de Gouvernementsmarine gemilitariseerd en onder bevel van de Koninklijke Marine gebracht. Dit bleef zo tot na de Japanse overgave, waarna de Gouvernementsmarine tot de soevereiniteitsoverdracht van Nieuw-Guinea aan Indonesië in 1962 separaat bleef bestaan.^[2]